In Deutschland sind die Orchideen insgesamt eher selten, nur regional kommen manche Arten häufiger vor. Gemäß Bundesnaturschutzgesetz sind alle wild wachsenden Orchideen streng geschützt und dürfen nicht gepflückt, ausgegraben oder sonst irgendwie beschädigt werden. Ihre Standorte sind zudem auch Lebensraum für weitere, nicht minder seltene und schützenswerte Pflanzen und Tiere. Den Orchideen kommt deshalb in mancher Hinsicht eine Schlüsselrolle im botanischen Artenschutz zu: sie verkörpern die Schönheit und den Reichtum unserer heimischen Umwelt, sie sind Bioindikatoren für den Zustand unserer heimischen Natur, und ihr Schutz bedingt einen »Schirmeffekt« für den Schutz weiterer Arten und ihres gesamten Lebensraumes. Wie für alle heimischen Tier- und Pflanzenarten ist der Biotopschutz auch für die heimischen Orchideen Grundlage und Voraussetzung für einen wirksamen Artenschutz.
	Die Bewahrung der heimischen Orchideenvielfalt ist jedoch von vielen weiteren Faktoren abhängig. Viele heimische Orchideen konnten zwar erst aufgrund des durch den Menschen vollzogenen Strukturwandels der Landschaft einwandern, reagieren aber dennoch von Natur aus sensibel auf kleinste Störungen. Wie in vielen anderen Gebieten Deutschlands sind die Orchideenvorkommen auch in der Rhön in unserem Jahrhundert verstärkt von verschiedenen Entwicklungen beeinflußt worden. Im Wesentlichen sind man folgende Tendenzen festzustellen: Die anhaltende Verdrängung von Wiesen- und Sumpforchideen in der modernen Agrarlandschaft, anhaltend drastische Rückgänge der Gebirgsorchideen sowie die Neuansiedlung und Ausbreitung von submediterranen Orchideenarten.
	Von den Bestandsrückgängen sind konkret folgende Arten betroffen: Wanzen- (Anacamptis coriophora) und Sumpf-Knabenkraut (A. palustris) sind längst ausgestorben, Herbst-Wendelähre (Spiranthes spiralis) und Fleischrotes Knabenkraut (Dactylorhiza incarnata) droht das gleiche Schicksal. Sumpf-Stendelwurz (Epipactis palustris), Brand-Knabenkraut (Neotinea ustulata) und Kleines Knabenkraut (Anacamptis morio), aber auch Breitblättriges Knabenkraut (Dactylorhiza majalis) und Zweiblättrige Waldhyazinthe (Platanthera bifolia) anhaltend starke Bestandsrückgänge aufweisen. Obwohl gerade die höheren Lagen der Rhön noch am ehesten mit intakten Lebensräumen ausgestattet sind, haben gerade die Gebirgsorchideen noch weitaus stärkere Verluste erlitten: Das Holunder-Knabenkraut (Dactylorhiza sambucina) ist ausgestorben, das Weißzüngel (Pseudorchis albida) und die Grüne Hohlzunge (Dactylorhiza viridis).
	Einige wärmeliebende Arten sind im vergangenen Jahrhundert offenbar neu in der Rhön aufgetaucht, da sie in älteren Florenwerken nicht erwähnt wurden. Freilich sind sie auf die klimatisch begünstigten Regionen beschränkt. Bocks-Riemenzunge (Himantoglossum hircinum) und Kleine Spinnen-Ragwurz (Ophrys araneola) haben sich insbesondere im Fränkischen Saaletal etabliert; bei Ohnsporn (Orchis anthropophora) und Pyramiden-Orchidee (Anacamptis pyramidalis) liegen die Fundorte über das Gebiet verstreut, doch sind hier die Individuenzahlen meist sehr gering. Vor wenigen Jahren wurde die lange ausgestorben geglaubte Hummel-Ragwurz (Ophrys fuciflora) wiedergefunden, und auch die Große Spinnen-Ragwurz (Ophrys sphegodes) konnte sicher nachgewiesen werden.
	Insgesamt haben sich die Strukturveränderungen der Kulturlandschaft in den vergangenen hundert Jahren sehr negativ auf die Orchideenbestände ausgewirkt. Nutzungsänderungen, Düngung, Luftschadstoffe, die vom Niederschlag in die Böden eingebracht werden und deren Eutrophierung bewirken, aber auch das Brachfallen extensiv bewirtschafteter Flächen verursachen veränderte Lebensbedingungen am Wuchsort. Damit kommen die allermeisten Orchideen nicht zurecht, da sie einerseits sehr empfindlich auf Veränderungen der Verhältnisse am Standort reagieren und andererseits auch schnell dem Konkurrenzdruck anderer Pflanzenarten unterliegen. Die subtilen Verhältnisse zwischen Orchidee und Lebensraum bleiben uns jedoch oft verborgen.
	Von den 48 insgesamt in der Rhön nachgewiesenen Orchideentaxa sind vier sicher ausgestorben: Wanzen- (Anacamptis coriophora) und Sumpf-Knabenkraut (A. palustris), Holunder-Knabenkraut (Dactylorhiza sambucina) und Kleines Zweiblatt (Neottia cordata). Der Widerbart (Epipogium aphyllum gilt momentan als verschollen, ist eventuell aber noch im Gebiet existent. Die verbliebenen 43 Taxa wurden seit 1990 im bearbeiteten Gebiet nachgewiesen, doch sind einige akut vom Aussterben bedroht. Zwei weitere in der Literatur angegebene Arten, nämlich die Dufthändelwurz (Gymnadenia odoratissima) und das Kugel-Knabenkraut (Traunsteinera globosa), konnten nie sicher festgestellt werden und wurden daher in dieser Ausarbeitung nicht zu den Orchideen der Rhön gezählt.
	Dem Schutz und der Pflege heimischer Orchideen in besonderer Weise verpflichtet sind die Arbeitskreise Heimische Orchideen (AHOs), die auch in der Rhön Pflegeeinsätze und Grundstücksankäufe tätigen, um die Orchideen und ihre Lebensräume zu schützen. Viele unserer Orchideen sind existenziell von der Pflege ihrer Habitate abhängig. Dies betrifft insbesondere die Arten der Halbtrockenrasen, Wiesen und Sümpfe, die als Kulturfolger in unserer Landschaft Fuß fassen konnten. Aber auch die Arten der Wälder profitieren von schonender und nachhaltiger Waldwirtschaft.
	Das europäische Schutzprogramm Natura 2000 wird in der Rhön mittels so genannten »Flora-Fauna-Habitat- Gebieten« umgesetzt. Prioritäre Tier- und Pflanzenarten im europäischen Artenschutz werden einem Standortmonitoring unterzogen, um ihre Bestände langfristig zu sichern – so auch der Frauenschuh (Cypripedium calceolus), dessen Standorte und Bestände von den zuständigen Behörden, Naturschutzinstitutionen und ehrenamtlichen Helfern kartiert und überwacht werden.   Schließlich gehört zum effektiven Naturschutz auch die Information und Umweltbildung. Damit soll erreicht werden, dass sich jeder Besucher, der Orchideenlebensräume aufsucht, rücksichtsvoll verhält. Denn wer Orchideen fotografiert und beobachtet, trägt unmittelbare Verantwortung für den Schutz dieser botanischen Edelsteine.   Im botanischen Artenschutzkonzept des Biosphärenreservates Rhön wurden einige Orchideen als »Zielarten« gewürdigt. Doch auch in der Modellregion Rhön steht der Naturschutz mit allen seinen Ebenen auf dem Prüfstand. Denn der biologische Reichtum der Rhön ist nicht allein naturgegeben, sondern auch durch das vielfältige und behutsame Wirtschaften und Pflegen des Menschen entstanden. Müssen unsere heimischen Orchideen wirklich die »stolzen Zeugen einer sterbenden Natur« sein, wie sie von Pierre Delforge bezeichnet wurden? Oder können sie vielleicht doch noch zu prächtigen Hoffnungszeichen eines neuen Umgangs mit der Natur werden?