Dem starken Rückgang von Arten- und Biotopvielfalt mußte in den vergangenen Jahrzehnten auch in der Rhön durch verstärkte Naturschutzbemühungen Rechnung getragen werden. Es genügt nicht, Pflanzen und Tiere allein zu schützen, denn sie sind auf ihre Biotope und Lebensgemeinschaften (Biozönosen) angewiesen. Also müssen ihre Standorte vor Beeinträchtigung oder Zerstörung geschützt werden. Um die Schönheit und die Artenvielfalt unserer Region zu erhalten, wurden viele der herausragenden Landstriche und Biotope unter Naturschutz gestellt.
	In der Rhön ist der Biotopschutz sehr vielschichtig. Es bestehen folgende Typen von Flächenschutzgebieten: Naturschutzgebiet (§13 BNatSchG) Naturpark (§14 BNatSchG) Landschaftsschutzgebiet (§15 BNatSchG) Naturdenkmal (§17 BNatSchG) Geschützter Landschaftsbestandteil (§18 BNatSchG); in Thüringen: Flächen-Naturdenkmal; in Hessen vom Naturdenkmal abgedeckt UNESCO-Biosphärenreservat
	Der Bedeutung der Rhön als Naturraum von herausragender Bedeutung wurde in den 1960er Jahren mit der Einrichtung der Naturparks Rechnung getragen. Im hessischen Gebietsteil wurde schon 1967 eine »Landschaftsschutzverordnung für den Naturpark Hessischen Rhön« geschaffen. Bayern zog im Jahre 1982 mit der »Verordnung über den Naturpark Bayerische Rhön« nach. Die beiden Naturparks der Rhön (Bayerische und Hessische Rhön) sind jedoch keine Naturschutzeinrichtungen im eigentlichen Sinne, sie dienen vielmehr der Erholung des Menschen in intakten Landschaften. Nach der Grenzöffnung im Jahre 1989 wurde zunächst über einen grenzübergreifenden Nationalpark Rhön nachgedacht, doch die Erhaltung der charakteristischen Rhönlandschaft setzt Kultivierung voraus; die Einrichtung eines Nationalparks hätte eine solche aber nicht erlaubt. Im Rahmen des internationalen Umweltprogrammes »Man & Biosphere« (Der Mensch und die Biosphäre) wurde die Rhön 1990 stattdessen als ausgewählte Natur- und Kulturlandschaft zum Biosphärenreservat der UNESCO ernannt. Das Land Thüringen wies gleichzeitig ein kongruentes Landschaftsschutzgebiet aus.
	Das Potential an wertvollen, schutzwürdigen Gebieten ist in der Rhön noch längst nicht ausgeschöpft. Im Biosphärenreservat wird gefordert, einen bundesweit überdurchschnittlich hohen Flächenanteil an Reservaten für den Artenschutz zu reservieren. Gleichzeitig wird eine Verbesserung der Biotopverbundstruktur angestrebt, wodurch den bedrohten Arten Ausweichmöglichkeiten geboten werden. Da weder Biosphärenreservat noch Landschaftsschutzgebiete rechtlich einen besonderen Biotopschutz bieten können, wurden und werden Naturschutzgebiete zum besonderen Schutz der wertvollsten Landschaftsbestandteile geschaffen. Sie sind die strengste Schutzgebietskategorie: in Naturschutzgebieten bestehen strenge Verhaltensregeln für Besucher (z.B. Wegegebot, Pflückverbot für alle Pflanzen). Allein im Bereich des Biosphärenreservates beträgt die Gesamtfläche der Naturschutzgebiete bzw. einstweilig sichergestellten Flächen schon über 18.000 ha. Die Naturschutzgebietskomplexe in der zentralen Rhön zählen inzwischen zu den größten Deutschlands.