Bereits kurz nach der Wiedervereinigung, im Jahr 1991, wurde die Rhön von der UNESCO im Rahmen des inter- nationalen Umweltprogrammes »Man & Biosphere« (der Mensch und die Biosphäre) als länderübergreifendes Biosphärenreservat anerkannt. Unter Einbeziehung von Landwirtschaft, Naturschutz, Tourismus und Gewerbe sollen die Vielfalt und die Qualität des Gesamtlebensraumes Rhön dauerhaft gesichert werden. Dabei sollen langfristige und wirtschafliche Rahmenbedingungen für Landwirtschaft und Gewerbe geschaffen werden, die im Einklang mit dem Schutz und der Pflege der heimischen Landschaft und Natur stehen.
	Das Biosphärenreservat umfasst zur Zeit eine Gesamtfläche von 184.939 ha, davon 72.802 ha in Bayern, 63.564 ha in Hessen und 48.573 ha in Thüringen. Es ist in Entwicklungs-, Pflege- und Kernzonen unterteilt. In den sogenannten »Kernzonen«, die in der Rhön bisher 4.199 ha (2,27%) ausmachen, findet überhaupt keine Nutzung statt. Das Betreten außerhalb der Wege ist hier verboten. In den Pflegezonen werden naturschützerische und land- wirtschaftliche Belange aufeinander abgestimmt. Weitere 67.483 ha (36,49%) sind »Pflegezonen«, hier darf nur eine schonende, naturnahe Landnutzung stattfinden. Da die Kernzonen auf zumeist bestehende Naturwaldreservate beschränkt sind, haben die Pflegezonen das höchste Konfliktpotential, da hier die zunächst widersprüchlichen Interessen von Naturschutz und Landwirtschaft aufeinandertreffen und sehr unterschiedliche Zielvorstellungen zusammen gebracht werden müssen. Das rhöntypische offene, strukturreiche Grünland mit hoher Biotopwertigkeit fällt größtenteils in diese Zone. Auch viele orchideenreiche Lebensräume, beispielsweise artenreiche extensive Grünlandgebiete, liegen in den Pflegezonen. Die restliche Fläche ist sogenannte »Entwicklungszone«, hier liegen beispielsweise die Dörfer und Städte samt ihrer intensiv genutzten Umgebung.
	Desweiteren wird versucht, die ohnehin schon starke regionale Identifikation der Bevölkerung gezielt für ein Regionalmarketing zu nutzen und regionaltypische Nutzungsformen und Produkte zu fördern. So wurde beispielsweise das Rhönschaf, eine ehemals fast ausgestorbene Schafrasse, zu einem neuen Sympathieträger für die Region – und überdies zu einem hervorragenden Landschaftspfleger. Auch die regionaltypischen Streuobstwiesen werden nun wieder effizient und werbewirksam zur Produktion von ökologisch wertvollen Nahrungsmitteln genutzt, und schonende, ökologisch verträgliche Energiekonzepte sollen die Qualität des Lebensraumes Rhön sichern und ausbauen.
	Zoologische und botanische Artenschutzkonzepte dienen als Grundlage für die zukünftige Naturschutzarbeit, zur Information der Bevölkerung und für die konkrete Biotoppflege. Für das Biosphärenreservat wurde außerdem ein Verein »Natur- und Lebensraum Rhön« sowie eine hauptamtliche Naturwacht eingerichtet, deren Ziel ist, Besucher der Rhön aufzuklären und maßvoll zu lenken.